Анализ данных по раку молочной железы

Таблица 1

Количество объектов изменивших свою экспрессию под воздействием препарата RITA в объеме 1uM

Таблица 2

Количество объектов изменивших свою экспрессию под воздействием препарата Nutlin в объеме 10uM

По этим таблицам видно, что хотя корреляции между результатами большие, но сами методы дают различные результаты. Это связано с тем, что методы Вилкоксона и гипергеометрический имеют дискретный характер, в отличие от метода Стьюдента. В то же время видно, что все гены отобранные методом Стьюдента также отобраны и другими методами. Однако, помимо пересечения с результатами анализа методом Стьюдента необходимо исследовать также результаты других анализов. Так, например, играющий важную роль в процессе апоптоза, онкоген JUN при гипергеометрическом анализе показал довольно большое значение скора: 5,033741591, в то время как при анализе методом Стьюдента скор не превысил порога в 2.

Итого было получено 27 таблиц скоров (для каждого из трех препаратов было проведено по три сравнения каждое тремя методами). Окончательно отбирались только те гены, скор которых превысил пороговое значение для всех методов анализа.

На втором этапе, после импорта полученных списков в базу данных Explain ), где объекты были соотнесены с генами, эти гены, с помощью имеющегося в Explain метода анализа, были привязаны к соответствующим сигнальным путям. Далее исследовались гены, имеющие отношение к генной сети, регулирующей апоптоз. В результате исследования было выявлено, что большая часть генов, составляющих сигнальный путь p53, значительно изменила свою экспрессию во всех девяти подгруппах. Количество генов из p53-сигнального пути, сильно изменившие свою экспрессию после приема RITA и Nutlin приведено в таблицах 1 и 2 соответственно.